Itachi Uchiha
Membro do clã Uchiha, conhecido por sua inteligência e habilidades ninja excepcionais, além de ser o irmão mais velho de Sasuke Uchiha. Itachi é um personagem complexo.
Pain
Líder da organização criminosa Akatsuki e, simultaneamente, governa a Vila Oculta da Chuva (Amegakure), usando seis corpos diferentes, conhecidos como os Seis Caminhos de Pain, para realizar seus objetivos.
Konan
Uma kunoichi de Amegakure (Vila da Chuva) e membro fundador da Akatsuki original, ao lado de Yahiko e Nagato. Conhecida por sua personalidade calma e serena, habilidades com papel e por sua lealdade aos seus amigos, especialmente Nagato, a quem ela chamava pelo nome.
Kisami
Também conhecido como "O Monstro da Névoa" ou "Biju sem calda" um ninja renegado de Kirigakure e membro da organização criminosa Akatsuki. Ele é famoso por sua força física, domínio da água e sua espada, Samehada, que drena chakra.
Sasori
Um ninja da Vila da Areia e um membro da organização Akatsuki, onde fez dupla com Orochimaru e, posteriormente, com Deidara. Sasori é conhecido por ser um mestre marionetista e também como Sasori da Areia Vermelha capaz de controlar até 100 marionetes ao mesmo tempo, e por transformar a areia em armas com seu veneno.